A partir de la Temporada 2016/17 el Club Nerja Baloncesto gestionará las categorías inferiores de la Escuela Municipal, niños desde los 4 hasta los 17 años. Las categorías van desde pekebasket hasta junior. Además, tras un paréntesis de un año, el club dispondrá de un equipo senior en 1ª nacional.
Asimismo, destaca el nombramiento del nuevo presidente del Club, José Luis Muñoz, que sucede en el cargo a José Antonio Martín, quien ha sido el impulsor de este proyecto desde el año 2009.